故事发生在明朝，皇帝（宋运成饰）病重昏迷，皇位悬而未决，此事搅得朝中人心惶惶。在这个节骨眼上，京城之内发生了连环杀人案件，朝廷委托京师六扇门调查此案，捉拿凶手，以平民怨。申梓木（黄文豪饰）是六扇门的统

本影片讲述了明朝中叶，上骑都尉匡天干为达成谋反，私自伪造\"大明通行宝钞\"并让其所管辖的军队在邻省大肆购买各种物资，一度造成江南物价飞涨、货币贬值的行径让皇帝大怒，派出六扇门彻查

明代正德年间，董云飞是六扇有名的捕快。为破恩师叶国涛被害案，他联合蓝相爷等一批忠臣良将历经风险主持正义、为民除害，最终找到的真正的罪孽私藏国宝的丁鹤天，案件大白于天下。

神秘杀手杀死琴馆盲女，引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现，仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣！危急时刻，玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。

京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝，六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈，当玄武小组赶到时，一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标，却在所有人的预想之外……