该剧讲述了来自仵作世家的楚楚，因家乡不允许女人当仵作而远上京城，意外进入三法司，结识了王爷萧瑾瑜、大理寺少卿景翊，侠女冷月，以及将军萧瑾璃。几人携手解开一个个案件谜团，并在探案过程中收获爱情与友情的故

“神算子”是明朝皇帝朱元璋钦赐的称号，封给了当时天下最能打算盘的一位高人，并且御赐给了他一把黑玄铁打造的“铁算盘”，还让他将这把“铁算盘”和“神算子”的封号一代代传给全天下最能打算盘的人。