本剧延续首季《锦衣迷踪》剧情，被要挟穿越到明朝寻找神秘药方的葛德霖被告知拿回的药方是假的，他将继续踏上穿越之旅，同时多方势力也纷纷露出水面，一张药方，两个时空，惊天阴谋即将浮现……

明朝末年，皇帝昏庸，曾保家卫国屡建功勋的锦衣卫被奸佞利用，沦为暗杀工具，令世人闻风丧胆。因谋权篡位而被施以刖刑的庆亲王（洪金宝 饰）虽被流放塞北多年，然野心不死，暗中勾结大太监贾精忠（罗家英 饰），企

明天启七年，北镇抚司锦衣卫沈炼（张震 饰）在一次扫除乱党任务中，为救画师北斋（杨幂 饰），将同僚凌云铠（武强 饰）灭口。此后一方面要摆脱来自陆文昭（张译 饰）、裴纶（雷佳音 饰）的质疑与调查，一方面又

隆庆末年，皇帝病重，太子年幼，朝野动荡不安，皇后李妃下令召回已归隐故乡的女内卫沈双保护太子；殊不知一个巨大的圈套将沈双变成了行刺太子的逃犯，而且要至其于死地；一筹莫展的沈双为了弄清事实，便展开了一场找

夏梦是一个正在准备考研复试的外语系女生，但与众不同的是她可以通过梦来昭 　　示未来。夏梦屡屡预见到，自己的考研失败是因为一个叫邱声的学长。夏梦与邱 　　声逐渐产生纠葛，不仅是作为竞争对手，更蕴藏了一丝

七品锦衣卫小旗官——高宣，受锦衣卫指挥使陆万通暗命，刺杀出访大明、准备和谈的也先使臣。刺杀成功，复命之时，高宣居然被陆万通带人追杀，重伤落水，成为一具“尸体”。使臣被杀一事一出，负责和谈的大学士云川被